Inwieweit technische Schutzmaßnahmen gegen den Einsatz des Bundestrojaners bei Online-Durchsuchungen erfolgreich sein können, ist umstritten, da auch bei den meisten IT-Spezialisten Programmierung und Aufbau des Trojaners unbekannt ist.
Allerdings kann davon ausgegangen werden, dass klassische Virenschutzprogramme, Firewalls oder Anti-Viren-Scanner den Schädling auf Anhieb nicht finden werden, da ansonsten die geplanten Maßnahmen ziemlich schnell völlig nutzlos wären.
Inzwischen haben einige der weltweit führenden Hersteller von Antivirenprogrammen wie Kaspersky Labs oder Avira eine Kooperation bei der Entwicklung und dem Einsatz des Bundestrojaners mit dem BKA ausgeschlossen.
Gegen den Einsatz eines so genannten Hardware-Keylogger kann man sich beispielsweise durch Verwendung eines Java Skripts bei der Eingabe von Passwörtern oder durch die Beobachtung aller Prozesse und Vorgänge auf dem Rechner mithilfe einer so genannten Whitelist schützen.